Podzielona płatność wiąże się  wieloma niejasnościami dla przedsiębiorców. Wprowadzając nowe regulacje w zakresie obowiązkowego mechanizmu podzielonej płatności ustawodawca opracował też przepisy przejściowe dla czynności, które wystąpią przed wejściem w życie nowelizacji, a których skutki nastąpią już po zmianie przepisów.

I tak zgodnie z art. 10 ustawy z dnia 9 sierpnia 2019 r. o zmianie ustawy o podatku od towarów i usług oraz niektórych innych ustaw (Dz. U. poz. 1751) w przypadku dostaw towarów lub świadczenia usług wymienionych w załączniku nr 11 (m.in. dostawa elektroniki, złomu, stali, odpadów szklanych itd.) lub 14 do ustawy o VAT (m.in. usługi budowlane), dokonanych:
• przed dniem 1 listopada 2019 r., dla których obowiązek podatkowy powstał lub faktura została wystawiona po dniu 31 października 2019 r.,
• po dniu 31 października 2019 r., dla których faktura została wystawiona przed dniem 1 listopada 2019 r.
– stosuje się „stare” przepisy ustawy o VAT (czyli w brzmieniu sprzed nowelizacji).

Przykład 1
Załóżmy że firma X wykonała usługę budowlaną, jako podwykonawca, w dniu 28 października 2019 r., która objęta jest mechanizmem odwrotnego obciążenia. Fakturę na powyższą usługę wystawiła jednakże 5 listopada. Obowiązek podatkowy powstanie tutaj 8 listopada (tj. w dacie wystawienia faktury, gdy zostanie ona wystawiona w ustawowym terminie).

W takim przypadku do usługi należy zastosować mechanizm odwrotnego obciążenia. Firma X winna zatem wystawić fakturę bez VAT z adnotacją „odwrotne obciążenie”.

Przykład 2
Załóżmy, że firma Y w dniu 30 października 2019 r. wystawiła nabywcy fakturę na sprzedaż złomu (transakcja ta do końca października jest objęta mechanizmem odwrotnego obciążenia). Sama dostawa towaru będzie jednak miała miejsce na początku listopada 2019 r.

W takim przypadku transakcja winna zostać rozliczona na zasadach obecnie obowiązujących, czyli w ramach odwrotnego obciążenia.

Niestety przepisy przejściowe nie regulują wprost wszystkich przypadków.
Stąd pojawiają się obecnie wątpliwości, jak zachować się m.in. w przypadku otrzymywania zaliczek na poczet przyszłych dostaw? Czy przyjęcie zaliczki i wystawienie faktury np. jeszcze w październiku będzie skutkować rozliczaniem całej transakcji na dotychczasowych zasadach, czy jednak już nowych? A może w takim przypadku do zaliczki będzie stosowany mechanizm odwrotnego obciążenia, zaś do pozostałej części transakcji podzielona płatność? Jak rozliczać przyjęte zaliczki 100%?

Widać tutaj spory pośpiech ustawodawcy przy tworzeniu nowych przepisów, skoro wprost nie uregulował wręcz występujących na co dzień w rzeczywistości gospodarczej przypadków.